Su Asesinato

Debido a su "opción por los pobres" concretada en una activa militancia social y por su independencia política recibió críticas de todos los sectores y varias amenazas de muerte y diversos ataques e intentos de matarlo. El 11 de mayo de 1974 fue emboscado cuando se disponía a subir a su automóvil Renault 4 azul estacionado en la puerta de la iglesia de San Francisco Solano de la calle Zelada 4771 en el barrio porteño de Villa Luro donde acababa de celebrar misa.

En los días posteriores se plantearon dos hipótesis acerca de quiénes habían ejecutado el crimen. Algunas versiones, que según Martín De Biase marcaban la tendencia mayoritaria en ese momento, señalaban a la organización Montoneros y se apoyaban en las diferencias políticas que se sabía existían entre ellos. La organización difundió de inmediato un comunicado, publicado en los periódicos del 13 de mayo de 1974, en el cual reconocía que había tales diferencias pero negaba la autoría del hecho e imputaba el mismo a "las bandas armadas de derecha". Desde las páginas del periódico El Caudillo, claramente enrolado en la posición de López Rega, se insistió posteriormente en esa versión y poco después el propio Ministro de Bienestar Social bautizaba Presbítero Carlos Mugica un barrio recién construido en Ciudadela.

Con el tiempo, la opinión mayoritaria se inclinó por imputar el crimen a la organización de derecha Alianza Anticomunista Argentina (La Triple A), orientada por el mencionado ministro. Según algunas versiones de testigos, el autor del hecho fue un individuo con bigotes, quien se cree que era Rodolfo Eduardo Almirón, cabecilla de dicha organización, baleándolo con varios disparos con una ametralladora Ingram MAC-10 que le afectaron seriamente el abdomen y el tórax, falleciendo a los pocos minutos al ser trasladado a un hospital cercano. Ese modelo de arma fue el frecuentemente utilizado en atentados por la Triple A. Según Miguel Bonasso, al conocerse la muerte del dirigente peronista, Arturo Sampay le dijo:

"el asesinato del padre Mugica es la respuesta de Perón al retiro de ustedes en la Plaza. Es una operación maquiavélica, destinada a que los militantes de la Tendencia se maten entre sí. Demasiado inteligente para que se le haya ocurrido al animal de López Rega"

Ingram MAC-10. Arma con la que fue Asesinado Mugica

Es considerado por sus seguidores como un ejemplo de coherencia entre las ideas y la acción, y de fortaleza de fe, la cual trabajaba constantemente, instando a quienes le rodeaban a no claudicar e insistir en la oración y la entrega a Dios. Actualmente la tumba del Padre Mugica se encuentra en la capilla Cristo Obrero de la Villa 31 de Retiro.